Projednání SEA dokumentace předcházelo posouzení výše uvedených studií, prověřujících alternativní řešení vedení dálnice D3, zpracovaných po dokončení konceptu ÚP VÚC
Pražského regionu a ÚP VÚC okresu Benešov. Na podkladě stanovisek MŽP ke konceptu ÚP VÚC Pražského regionu a ke konceptu ÚP VÚC okr. Benešov (viz výše) byly pro posouzení vybrány tyto varianty:

• „stabilizovaná“ - koridor D3 dle dlouhodobé přípravy ŘSD ČR a dle konceptů ÚP VÚC Pražského regionu a ÚP VÚC okresu Benešov;
• „Zenkl-Vyhnálek“ - dle studie Ing. Zenkla a RNDr. Vyhnálka včetně dílčích subvariant „Drachkovské“ a „Chvojenské“ v úseku Benešov - Bystřice a západní a východní u Miličína;
• „Promika“ - dle studie Atelieru Promika včetně dílčích subvariant Říčanské spojky, obchvatu Benešova a úseku Olbramovice - Miličín;
• „nulová“ - stávající dvoupruhová silnice I/3 s pouze s dílčí sledovanou přestavbou (tj. neúplné MÚK v úseku Mirošovice – Benešov na úplné, rozšíření silnice v prostoru Benešova na kategorii S 11,5, obchvat Olbramovic v kategorii S 11,5).

V Posouzení byly varianty vyhodnoceny s výsledným pořadím jednotlivých posuzovaných variantních koridorů z hlediska vlivů na složky životního prostředí od nejvhodnější po nejméně vhodnou:

1. "nulová"
2. "stabilizovaná"
3. "Zenkl-Vyhnálek"
4. "Promika".

V závěru posouzení je konstatováno, že „z hlediska vlivů na životní prostředí je jako relativně nejpřijatelnější hodnocena varianta stabilizovaná se západním obchvatem obce Libeř“, že „na podkladě analýzy dopravně-technických a dopravně-inženýrských aspektů jsou varianty Stabilizovaná a Zenkl-Vyhnálek (v Drachkovské subvariantě) považovány za víceméně rovnocenné“ a že „z hlediska vytvoření podmínek pro sociálně ekonomický rozvoj dotčeného území Pražského regionu má varianta Stabilizovaná (resp. Zenkl - Vyhnálek, vedená ve shodné stopě) zásadní význam pro oblast Dolního Posázaví (Jílovsko), jehož nevyhovující dopravní vazby na hlavní město Prahu jsou limitem dalšího rozvoje obytné, výrobní a především rekreační funkce. V dalším pokračování na území okresu Benešov představuje varianta Stabilizovaná příležitost rozvoje pro mikroregiony v jeho západní části a v přilehlé části okresu Příbram (Neveklovsko, Sedlecko, Sedlčansko)“.

Projednání této dokumentace proběhlo v listopadu 2003. Ve věci rozporu mezi MŽP ČR (prosazujícím var. Zenkl – Vyhnálek) a Krajským úřadem Středočeského kraje (prosazujícím var. stabilizovanou) rozhodla Vláda ČR na svém zasedání dne 14.12. 2005 o výběru koridoru pro dálnici D3 ve variantě stabilizované (usnesením č. 1643/2005). Na území Pražského regionu musí být navrhována navazující trasa koridoru dálnice D3 rovněž ve variantě stabilizované. Další varianty posuzované konceptem nebudou v návrhu sledovány. Na podkladě tohoto usnesení dopracoval Krajský úřad Středočeského kraje návrhy územních plánů VÚC Pražského regionu a Benešovska s variantou stabilizovanou. Oba územní plány byly schváleny Zastupitelstvem Středočeského kraje na jednání dne 18.12.2006. Závazné části ÚP VÚC, v nichž je koridor takto navrhované dálnice zahrnut jako veřejně prospěšná stavba, byly vyhlášeny pro Pražský region vyhláškou Středočeského kraje č. 6/2006 a pro okres Benešov vyhláškou č. 5/2006.

Na základě schválených ÚP VÚC Pražský region a Benešovsko zadalo ŘSD ČR v první polovině roku 2007 zpracování Oznámení záměru stavby dálnice D3 pro proces EIA podle zákona č.100/2001 Sb. MŽP následně zahájilo zjišťovací řízení, z jehož „Závěrů„ vyplynul požadavek na prověření variantního řešení dálnice D3 v koridoru stávající silnice I/3 (cit.:„je nutné prověřit a v dokumentaci zohlednit taková variantní trasování komunikace, vč. místních subvariant, jejichž předpokládaný vliv na životní prostředí a veřejné zdraví bude respektovat přírodní hodnoty v dotčeném území a současně bude mít minimální vliv na trvale obydlené a rekreační oblasti dotčené realizací záměru„).